La Comisión Rectora tiene atribuidas, entre otras, las siguientes competencias: aprobación del Plan Estratégico del centro y sus modificaciones, la aprobación del presupuesto, la propuesta de nombramiento y cese del director científico, la aprobación de las propuestas de medidas por el Comité Científico Externo y la incorporación de nuevo personal investigador adscrito al centro; esta última atribución será siempre a propuesta del director científico y con el informe favorable de la Comisión Científica Externa.
Presidente
Antonio López Díaz
Rector de la Universidad de Santiago de Compostela (USC)
Vice-presidente
María del Pilar Bermejo Barrera
Vicerrectora de política científica (USC)
Miembro
Cecilia Sierra Rey
Presidenta del Consello Social (USC)
Miembro
Antonio Javier Ferreira Fernández
Gerente de la USC
Miembro
María Isabel Loza García
Directora científica del CiMUS
Miembro
José Alberto Díez de Castro
Secretario de Universidades, representante de la Xunta de Galicia
Miembro
Carlos Juan Closa Montero
Vicepresidente de Organización y Relaciones Institucionales (CSIC)
Miembro
Juan Manuel Garrido Fernández
Representante del Consejo de Gobierno (USC)