As teses do CiMUS: Martín Santamarina García
A canteira do CiMUS da USC suma un novo investigador. Trátase de Martín Santamarina García quen presentou con éxito a súa tese doutoral "Fontes de inestabilidade xenómica no xenoma do cancro". O traballo, dirixido polo IP do Centro, Jose Tubío, foi avaliado por un tribunal composto pola investigadora do Consello Superior de Investigacións Científicas, Josefa González Pérez; a investigadora ERC da Universidade de Montpellier, Erika Astrid Virginie Burioli, e a investigadora Ramón e Cajal da Universidade de Santiago de Compostela, Diana Guallar Artal.
"Nesta tese, investigamos tres mecanismos singulares que promoven a inestabilidade xenómica en diferentes modelos de cancro. Utilizamos unha combinación de tecnoloxías de secuenciación de alto rendemento e métodos bioinformáticos novos para estudar a variación xenética nos xenomas dos tumores, co obxectivo de caracterizar novos elementos mutaxénicos implicados na inestabilidade xenómica do cancro e a evolución tumoral", explica o novo doutor CiMUS, Martín Santamarina.
Os achados atopados resaltan o potencial das novas tecnoloxías de secuenciación e os métodos bioinformáticos avanzados para caracterizar con precisión os elementos xenéticos e epixenéticos responsables da variación estrutural nos tumores. Este coñecemento abre novas vías para futuras investigacións e o desenvolvemento de estratexias terapéuticas innovadoras no campo da xenómica do cancro.
Martín Santamarina contou cunha estadía de investigación na Universidade de Cambridge e foi beneficiario dunha bolsa predoutoral da Xunta de Galicia.
Mecanismos de inestabilidade xenómica
O primeiro mecanismo de inestabilidade xenómica estudado foi a retrotransposición somática de LINE-1 (L1). En colaboración co consorcio HGSCV2, analizáronse datos de secuenciación de lecturas longas para unha colección diversa de 142 L1 activos na liña xerminal humana. A análise das súas secuencias internas revelou que devanditos L1 activos pertencen a varios sublinaxes L1Hs (Ta-1, Ta-0 e pre-Ta) que comprenden elementos con secuencias ORF1 e ORF2 alteradas. Construíronse filoxenias L1 e estimouse a idade aproximada dos elementos activos, identificando elementos pre-Ta L1 antigos e fixados na poboación humana que actualmente desenvolven actividade somática nos xenomas tumorales.
O segundo mecanismo estudado é o impacto da variación estrutural na neoplasia transmisible de bivalvos de Cerastoderma edule (CedBTN). No marco do proxecto Scuba Cancers, analizáronse os datos de secuenciación de xenoma completo dunha selección de 10 tumores CedBTN e 460 berberechos comúns colleitados ao longo da costa atlántica europea. A análise dos patróns de número de copias e expresión permitiu identificar alteracións temperás en varios xenes asociados ao cancro, como MGMT, MDM2, CCND3 e MYC, as cales poderían estar implicados na evolución somática a longo prazo deste cancro transmisible nun contexto de inestabilidade cromosómica.
O terceiro mecanismo estudado foi a inestabilidade de microsatélites (MSI) no cancro colorrectal (CRC). Neste proxecto analizáronse os conxuntos de datos clínicos e epixenéticos de 388 tumores colorrectais caracterizados no marco do consorcio The Cancer Genome Atlas para adestrar un predictor do fenotipo MSI baseado en patróns de metilación. "Tras comparar algoritmos alternativos (GLM, Neural Network, Random Forest, SVM, Decision Trees, KNN e Naive Bayes), desenvolvemos un clasificador MSI/MSS baseado en modelos lineais xeneralizados (GLM) que denominamos MSIMEP. Así mesmo, considerando unha potencial aplicación a biopsia líquida, e asumindo un sacrificio limitado de rendemento, desenvolvemos unha versión reducida de MSIMEP", conclúe Santamarina.